Browsing by Author "Hauser, Nicole"

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    DNA-Array-Technologie für transkriptionelle Untersuchungen des Genoms der Hefe Saccharomyces cerevisiae
    (2001) Hauser, Nicole; Wolf, Dieter (Prof. Dr.)
    DNA-Array-Technologie ermöglicht die hoch-parallele Untersuchung transkriptioneller Aktivität. Sie wurde am vollständigen Gensatz von Saccharomyces cerevisiae methodisch etabliert und angewendet. Hierfür wurden 6116 offene Leserahmen der Hefe mittels PCR isoliert und auf Membranen aufgebracht. Auf diese wurden revers transkribierte Proben hybridisiert, die die Gesamt-mRNA aus Hefezellen repräsentierten. Die Signalintensität an jeder Belegposition des Rasters dient als Maß für die relative Häufigkeit des entsprechenden Transkripts. Die Methodik wurde bezüglich ihrer Aussagekraft bewertet und kontinuierlich technisch weiter entwickelt. Systematische Variation der Hybridisierungsparameter, speziell für die immobilisierte und freie DNA, schuf die Grundlage für eine Quantifizierung der absoluten Transkripthäufigkeiten. Die gewonnenen Rohdaten wurden mit Hilfe mathematischer Routinen prozessiert und neue Visualisierungs- und Analyseverfahren wurden auf die nach Signifikanz und anderen Kriterien gefilterten Datensätze angewendet, um eine biologische Interpretation zu unterstützen. Aus eigenen Experimenten und zahlreichen Kooperationen wurden beispielhaft die Ergebnisse aus vier experimentellen Ansätzen vorgestellt: (1) Vergleich einer industriell genutzten Weinhefe mit einem Laborstamm, sowohl auf transkriptioneller als auch genomischer Ebene. (2) Untersuchungen einer Disruptionsmutante im Gen des tRNA-Export-Faktors Los1p. (3) Erhöhung der Wachstumstemperatur von 30°C auf 37°C. (4) Adaptation von Hefezellen an hohe externe Salzkonzentration.