Browsing by Author "Knoll, Michael"

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    Von der Sequenz zur Funktion : systematische Modellierung verschiedener Proteinfamilien auf Sequenz- und Strukturebene
    (2008) Knoll, Michael; Pleiss, Jürgen (Prof. Dr.)
    Das Verständnis der Sequenz-Struktur-Funktionsbeziehung ist Voraussetzung, um experimentell beobachtete Unterschiede bei Enzymen hinsichtlich Selektivität und Substratspezifität erklären und verstehen zu können. Eine systematische Analyse der Enzyme innerhalb einer umfassenden Proteinfamilie verwandter Proteine ist zum Verständnis dieser Beziehung von Vorteil. Dadurch können in Sequenz und Struktur konservierte Bereiche aufgedeckt und familienspezifische Parameter abgeleitet werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde am Beispiel von drei verschiedenen Proteinfamilien eine systematische Untersuchung der Proteinfamilie oder einzelner Vertreter durchgeführt, um familienspezifische Regeln aufzustellen und diese für das Proteindesign zu nutzen. Unterschiedliche Substratspezifitäten und Selektivitäten konnten mit einfachen Modellen beschrieben werden. Für zwei der Proteinfamilien wurden Proteinfamiliendatenbanken etabliert, die eine erweiterte und umfassendere systematische Analyse dieser Proteinfamilien ermöglichen. Für die Familie der Thiamindiphosphat-abhängigen Enzyme wurden systematische Strukturvergleiche verwandter Proteine durchgeführt, um Unterschiede bezüglich Selektivität und Substratspezifität zu erklären. Für die Familien der mittelkettigen Alkoholdehydrogenasen und der Cytochrom P450 Monooxygenasen wurden umfassende Proteinfamiliendatenbanken etabliert, die eine systematische Analyse dieser Familien ermöglichen.