Simulation des Verhaltens von Zellkomponenten in biologischen Netzwerken mit Hilfe von Workflow Technologie

Abstract

Im Rahmen dieser Arbeit wird eine automatisierte Ausführung von Octave-basierten Simulationen mit Hilfe von Workflow- und Web Service Technologie vorgestellt. Zunächst wird ein Octave Service Adapter auf Basis eines plattformunabhängig generischen Web Service Interface aufgebaut. Wobei dieser Adapter eigene Simulationsinstanz verfügt, die stets eine eindeutige Identifikationsnummer besitzt und eine Menge von Verzeichnissen und Daten umfasst sowie Simulationsanwendungen ausführt. Einerseits bietet der Adapter die Kommunikation mit den Octave-Anwendungen an. Hierfür wird ein Web Service zur Beschreibung der Funktionalitäten bei ihren Anwendungen erstellt. Andererseits stellt er einen weiteren Web Service für den Client zur Verfügung. Weiterhin wird ein BEPL-Prozess mit Hilfe des Octave Adapters aufgebaut. Dieser Prozess dient dazu, den Ablauf für Ausführung der Octave-Anwendungen darzustellen. Die Anwendungen können dann in einem BPEL-Prozess koordiniert werden, wenn die Aktivitäten des Prozesses eine Verbindung mit den Web Service-Operationen gesetzt wurden. Schließlich wird der BPEL-Prozess durch die Verwendung von BPEL-Engine automatisiert ausgeführt.