Simulations of DNA translocation through nanopores

Abstract

In the past two decades, experiments addressing the transport of single molecules, especially DNA, has attracted great attention. This technology is considered promising for the next generation of rapid in cheap DNA sequencing methods. In this theses, physical models and computer simulation methods for the simulation of DNA transport through these so-called nanopores are investigated. Modelling techniques with different result ions are compared and evaluated with special focus on their predictions regarding the current modulation caused by DNA molecules that are transported through these pores.

Seit vielen Jahren sorgen Experimente für Aufsehen, in denen der Tranport einzelner Moleküle, vor allem DNA, durch wenige Nanometer große Poren untersucht wird. Diese Technik wird als vielversprechender Kandidat für die nächste Generation schneller und kostengünstiger Genomsequenzierungstechniken gehandelt. In dieser Dissertation werden physikalische Modelle und Computersimulationsmethoden zur Simulation von DNA-Transport durch diese sogenannten Nanoporen untersucht. Modellierungstechniken mit unterschiedlichen unterschiedlicher Auflösung werden verglichen und auf ihre Vorhersagen insbesondere der Strommodulation die von durch die Poren transportierten DNA-Molekülen untersucht.